Năm 2012, VNA tiếp nhận quyền đại diện vốn nhà nước tại JPA từ SCIC. Tỷ lệ sở hữu của VNA hiện tại là 67,8%, hãng hàng không Qantas nắm giữ 30%.

Kết quả hoạt  động kinh  doanh của JPA 6 năm qua luôn trong tình trạng thua lỗ.

Giai đoạn 2008-2009 lỗ chủ yếu do lỗ từ bảo hiểm xăng dầu (fuel hedging) và chi phí phạt do huỷ hợp đồng thuê máy bay đã ký trong năm 2008.

Giai đoạn 2010-2011, do ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu, chi phí nhiên liệu bay ngày càng tăng, chi phí kỹ thuật cho đội máy bay B737 (trên 15 năm tuổi) cao... làm cho tình hình hoạt động kinh doanh của JPA vẫn bị thua lỗ.

Sau khi về với VNA, lỗ hoạt động kinh doanh của JPA đã giảm đáng kể từ (lỗ) 437 tỷ đồng năm 2011 xuống còn (lỗ) 213  tỷ đồng năm 2012 và còn (lỗ) 109 tỷ năm 2013.

Năm 2012,  JPA  tiến  hành  đổi  mới đội  tàu  bay  từ B737 cũ sang A320 và phải chịu khoản chi phí trả sớm đội tàu là 190 tỷ đồng. Con số này trong năm 2013 là 165 tỷ đồng.

Trong năm 2013, tổng doanh thu của JPA tăng trưởng gần 3%, trong đó doanh thu khách hàng tăng 16,2 tỷ so với năm 2012 do tăng tải cung ứng (tăng 13,4% số ghế cung ứng).

Tuy nhiên, chậm trễ trong quá trình thuê máy bay và giá vé bình quân giảm 4,5% so với kế hoạch do ảnh hưởng việc cạnh tranh gay gắt trên thị trường nội đã ảnh hưởng đến doanh thu của JPA.

Việc JPA đã hoàn thành chương trình chuyển đổi toàn bộ đội tàu bay sang A320 đã giảm được chi phí sản xuất và giảm đáng kể số lỗ so với các năm trước (năm 2013 JPA lỗ 274 tỷ, thấp hơn so với khoản lỗ bình quân trong giai đoạn 2008-2012).